Films

La Voix de son maître - 1978 - 100' - co-réalisé avec Nicolas Philibert
Patrons/Télévision - 1979 - 180' - co-réalisé avec Nicolas Philibert
Vive la sociale ! - 1983 - 90' - Prix Jean Vigo
Pas de vieux os - 1985 - 90' (TV)
Billy-ze kick - 1985 - 90'
Le fils Cardinaud - 1986 - 60' (TV)
Fucking Fernand - 1987 - 90'
Le déserteur - 1988 - 60' (TV)
Cher Frangin - 1989 - 90'
Shakespeare sonnets - 1990 - 60' (TV)
Toujours seuls - 1991 - 90'
Béatrix Beck - 1991 - 60' (TV)
La véritable histoire d'Artaud le Mômo - 1993 - 170' - co-réalisé avec Jérôme Prieur
En compagnie d'Antonin Artaud - 1993 - 90'
Jacques Prevel, de colère et de haine - 1993 - 23' - co-réalisé avec Jérôme Prieur
Architruc - 1995 (TV)
Corpus Christi -  1997/98 - 12 x 52' - co-réalisé avec Jérôme Prieur
Paddy - 1999 - 90’
L’Apprentissage de la Ville - 2000 - 105’ (TV)
Simon le Juste - 2001 - 90’ (TV)
L’Origine du christianisme – 2003 – 10 x 52’ – co-réalisé avec Jérôme Prieur
L’île Atlantique – 2005 – 90’ (TV)
La Forteresse assiégée – 2007 – 140’ (TV) – Prix Télévision de la Critique du meilleur documentaire 2007
L’Apocalypse - 2008 - 12 x 52' - co-réalisé avec Jérôme Prieur
Les vivants et les morts - 2009/2010 - 8 x 52'
Les cinq parties du monde - 2011 - 90'
Laurent Fabius, un homme libre - 2011 - 52'
Le Grand retournement - 2012 - 75'
Jésus et l'islam - co-réalisé avec Gérard Mordillat - 7 x 52' - 2014-2015 

Livres

Vive la sociale ! - 1981 - Editions Mazarine
Vive la sociale ! revu et corrigé - 1987 - Editions Seuil «Point Virgule»
A quoi pense Walter - 1987 - Editions Calmann-Lévy et Seuil «Point Virgule» - 1988
Les Cinq Parties du Monde - 1984 - Editions Mazarine
Célébrités Poldèves - 1984 - Editions Mazarine
L’attraction Universelle - 1990 - Editions Calmann-Lévy et Livre de Poche - 1993
Zartmo - 1994 - Editions Calmann Lévy (hors commerce)
Béthanie - 1996 - Editions Calmann-Lévy et Livre de Poche - 1998
Corpus Christi, enquête sur les évangiles (en collaboration avec Jérôme Prieur) - 1997 - Mille et une nuits/Arte éditions
Le retour du Permissionnaire - 1999 - Editions La Pionnière
La grande jument noire - Les cheminots dans l’aventure du siècle - 2000 - Editions Lamartinière
Jésus, illustre et inconnu - en collaboration avec Jérôme Prieur – 2000 - Desclée de Brouwer
Jésus contre Jésus (en collaboration avec Jérôme Prieur) - 1999 - Editions Seuil
Vichy-Menthe - 2001 - Editions Eden
L’ombre portée - 2002 - Editions La main parle (dessins de Patrice Giorda)
Madame Gore - 2002 - Editions Eden (avec des dessins de Bob Meyer) – Grand prix de l’humour noir
Rue des Rigoles - 2002 - Editions Calmann-Levy
Les Rudiments du monde - 2003 - Editions Eden (avec les photographies de Georges Azenstarck)
Yorick - 2003 - Editions Eden
Comment calmer M. Bracke - 2003 - Editions Calmann-Levy
C’est mon tour - 2003 - Eden
Jésus après Jésus, essai sur l’origine du christianisme (en collaboration avec Jérôme Prieur) – mars 2004 – Le Seuil
Les Vivants et les Morts - 2005 - Editions Calmann-Levy / 2010 Livre de Poche – Grand Prix RTL / Lire
Notre part des ténèbres - 2008 Editions Calmann-Levy
Scandales et Folies - 2008 Editions du Seuil
Jésus, sans Jésus, de l’Apocalypse à la Cité de Dieu - en collaboration avec Jérôme Prieur - 2008 (Le Seuil / Arte Editions) 
Les invisibles - 2010 Editions de l'Atelier (photographies de Joël Peyrou)
Rouge dans la brume  - 2011 Editions Calmann-Levy
Le linceul du vieux monde - 2011 Le Temps Qu'il Fait (poèmes)
Il n'y a pas d'alternative, 30 ans de propagande néo-libérale - 2011 Le Seuil (en collaboration avec Bertrand Rothé)
Jésus le Naze - 2012 Éditions Colophon (poème)
Ce que savait Jennie - 2012 Éditions Calmann-Levy
Xenia - 2013 Éditions Calmann-Levy - 2014 Livre de Poche
Le miroir voilé et autres écrits sur l'image - 2012 Éditions Calmann-Levy
Sombre lumière du désir - poèmes - 2014 Éditions Le Temps Qu'il Fait
La Boîte à ragoût (La Pionnière, 2014)
La Brigade du rire (Albin Michel, 2015)
Jésus selon Mahomet (Editions du Seuil / ARTE Editions, 2015)